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Increasing the Sampling Efficiency of Protein Conformational Change by Combining a Modified Replica Exchange Molecular Dynamics and Normal Mode Analysis
期刊论文
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2021, 卷号: 17, 期号: 1, 页码: 13-28
作者:
Peng, Cheng
;
Wang, Jinan
;
Shi, Yulong
;
Xu, Zhijian
;
Zhu, Weiliang
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浏览/下载：18/0
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提交时间：2021/05/24
Vapor-liquid coexisting morphology of all-atom water model through generalized isothermal isobaric ensemble molecular dynamics simulation
期刊论文
ACTA PHYSICA SINICA, 2017, 卷号: 66, 期号: 13
作者:
Yin Ling-Kang
;
Xu Shun
;
Jeong, Seongmin
;
Jho, Yongseok
;
Wang Jian-Jun
收藏
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浏览/下载：28/0
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提交时间：2018/05/25
Generalized Canonical Ensemble
Gas Liquid Transition
Gas Liquid Coexistence
Molecular Dynamics
Determination of the vapor-liquid transition of square-well particles using a novel generalized-canonical-ensemble-based method
期刊论文
Chinese physics b, 2017, 卷号: 26, 期号: 6, 页码: 6
作者:
Zhao, Liang
;
Xu, Shun
;
Tu, Yu-Song
;
Zhou, Xin
收藏
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浏览/下载：17/0
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提交时间：2019/05/09
Square-well particles
Phase-coexisting states
Generalized canonical ensemble
Replica exchange monte carlo
Adaptive multi-GPU Exchange Monte Carlo for the 3D Random Field Ising Model
期刊论文
COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS, 2016, 卷号: 205, 页码: 48-60
作者:
Navarro, CA
;
Huang, W
;
Deng, YJ
;
Navarro, CA (reprint author), Univ Austral Chile, Inst Informat, Valdivia, Chile.
收藏
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浏览/下载：18/0
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提交时间：2017/10/13
Gpu Computing
Adaptive Temperatures
Exchange Monte Carlo Algorithm
Random Field Ising Model
Adaptive multi-GPU Exchange Monte Carlo for the 3D Random Field Ising Model
期刊论文
COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS, 2016, 卷号: 205, 页码: 48-60
作者:
Navarro, CA
;
Huang, W
;
Deng, YJ
收藏
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浏览/下载：14/0
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提交时间：2019/04/08
GPU computing
STATE POTTS-MODEL
Adaptive temperatures
CLUSTER ALGORITHM
Exchange Monte Carlo algorithm
CRITICAL-BEHAVIOR
Random Field Ising Model
SPIN-GLASSES
SIMULATION
Understanding enzyme reactions using enhanced sampling techniques
期刊论文
MOLECULAR SIMULATION, 2016, 卷号: 42, 期号: 10, 页码: 846-854
作者:
Cao, Liaoran
;
Cheng, Liwei
;
Tang, Tianbao
;
Liu, Jiahui
;
Zhang, Depeng
收藏
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浏览/下载：20/0
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提交时间：2019/06/20
Enhanced Sampling
Path Finding
Enzyme Reactions
Rare Events
Complexation behavior of oppositely charged polyelectrolytes: Effect of charge distribution
期刊论文
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2015
Zhao, Mingtian
;
Zhou, Jihan
;
Su, Cuicui
;
Niu, Lin
;
Liang, Dehai
;
Li, Baohui
收藏
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浏览/下载：5/0
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提交时间：2017/12/03
ANGLE NEUTRON-SCATTERING
GELATIN/POLYELECTROLYTE COMPLEXES
DNA COMPACTION
GENE DELIVERY
PROTEIN
POLYMERS
DENSITY
NANOPARTICLES
RECOGNITION
EFFICIENCY
视点重要度驱动的自适应光子追踪
期刊论文
计算机辅助设计与图形学学报, 2015, 卷号: 27, 期号: 12, 页码: 2305-2312
郑权
;
郑昌文
收藏
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浏览/下载：6/0
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提交时间：2016/12/09
视点重要度
光子追踪
真实感绘制
Replica Exchange Monte Carlo Simulation of Human Serum Albumin-Catechin Complexes
期刊论文
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2014, 卷号: 118, 期号: 35, 页码: 10362-10372
作者:
Li, Yunqi
;
An, Lijia
;
Huang, Qingrong
收藏
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浏览/下载：14/0
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提交时间：2019/04/09
Replica Exchange Monte Carlo Simulation of Human Serum Albumin−Catechin Complexes
期刊论文
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2014, 卷号: 118, 页码: 10362-10372
Li, Yunqi
;
An, Lijia
;
Huang, Qingrong
收藏
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浏览/下载：22/0
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提交时间：2015/10/20
POLYPHENOL-PROTEIN INTERACTIONS
TEA POLYPHENOL
GREEN TEA
(-)-EPIGALLOCATECHIN GALLATE
MULTITECHNIQUE APPROACH
TANNIN INTERACTIONS
IONIZABLE GROUPS
PK VALUES
BINDING
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