海参纲是棘皮动物门中一个重要的类群，其形态多样，物种丰富，具有重要的生态价值和经济价值。近几十年来，深海探测技术发展迅速，越来越多的深海海参被发现并采集。随着深海海参新样品的补充和分子系统发育关系的应用，海参的形态分类系统被分子系统发育关系提出修正，目前仍然存在争议。此外，海参作为一类常见的大型底栖海洋无脊椎动物，能够很好地适应多种生境，从寒冷的两极到温暖的热带，从沿海潮间带到海斗深渊均有分布。其中，无足目指参科指参属海参(简称指参)是一类主要分布在深海化能合成生境的海参类群，可作为探索深海动物适应深海极端环境的一个典型案例。 本研究首先基于转录组重建更可靠海参系统发育树，厘清深海海参的系统发育关系，为深海海参的分子演化研究提供分析基础。其次，为解决深海海参基因组DNA提取困难的问题，比较了多种深海海参DNA提取方法。最后，以指参Chiridota heheva为例，进行比较基因组分析，探讨了海参适应热液环境的内在分子机制，主要发现包括以下三个方面： (1) 本研究首次应用转录组数据进行海参系统发育关系研究，以6个浅海海参和14个深海海参(覆盖6个目14个科20个属)的高质量转录组，与2个其他棘皮动物代表物种(海百合和紫海胆)的转录组，重建海参系统发育树。结果显示，OrthoFinder、RBH和YS这3种常见方法所构建系统发育树的拓扑结构基本一致，且具有很高的置信度；分化时间估算发现，海参纲起源于约466.32 Ma，即奥陶纪时期，无足目作为海参纲最古老的类群最先从发育树上分化出来，后面分化出的依次是平足目、海参目、枝手目、桃参目和辛那参目；在科水平上，支持幽灵参科从平足目转移到辛那参目的观点；4种深海海参新加入到系统发育研究中，其中深海参科的两种海参Laetmogone wyvillethomsoni和Pannychia moseleyi未聚为一支，深海参科为多系发生。本研究基于转录组获得了更为可靠的海参系统发育树，为进一步厘清深海海参的系统发育关系提供借鉴。 (2) 为获得高质量的深海海参DNA,本研究比较了6种常用提取方法。包括修改的CTAB法、Tiangen Biotech 试剂盒、Qiagen 试剂盒、Omega Bio-tek 试剂盒、Sangon Biotech 试剂盒和SDS法。在产量上，CTAB法、SDS法和Omega Bio-tek试剂盒法产量较高，适用于从少量或珍贵样品中获得大量的基因组DNA。在完整度上，CTAB法主带清晰，完整度高，而SDS法、Sangon Biotech试剂盒、Tiangen Biotech试剂盒和Qiagen试剂盒部分样品有主带，部分样品裂解弥散，适用于从保存质量好的组织中提取基因组DNA。在纯度A260/A280上，Qiagen Biotech试剂盒和Omega Bio-tek试剂盒纯度基本符合1.8-2.0，而CTAB法和SDS法接近1.5-1.8，纯度较好但受少量蛋白污染。可根据研究的目的及样品的质量选则适用的方法。 (3) 本研究首次报道了Kairei热液指参C. heheva高质量染色体水平基因组的组装及分析结果。该指参染色体基因组由19条染色体组成，大小为1.43 Gb，scaffold N50为53.24 Mb，BUSCO完整度为94.50 %。比较基因组分析发现，该指参的扩增基因主要参与铁的结合和转运、DNA损伤修复和维持膜脂流动性等，可能是热液指参对铁富集生境和深海高压等环境因素的响应；受到正选择的基因有28个，主要参与DNA的损伤修复；一些特有基因主要参与细胞内铁稳态的调节。综上，该热液指参的基因组是第一个报道的热液海参基因组，也是无足目中的第一个染色体基因组，本研究探讨了海参对热液环境的适应机制，为热液生物的适应性演化研究提供数据资源和参考依据