大麦EST-SSR分子标记开发及特征分析

doi:10.19675/j.cnki.1006-687x.2017.03037

CORC > 成都生物研究所 > 中国科学院成都生物研究所 > 食品安全与环境治理领域 > 农业生物技术研究

	大麦EST-SSR分子标记开发及特征分析
	陈欣 3; 余懋群 4; 龙海 4; 邓光兵 4; 潘志芬 4; 徐德林 1; 张洁 2
刊名	应用与环境生物学报
	2018
卷号	24 期号:1 页码:102-106
关键词	大麦表达序列标签简单序列重复分子标记生物信息
ISSN号	1006-687X
DOI	10.19675/j.cnki.1006-687x.2017.03037
其他题名	Data mining and analysis for simple sequence repeats in expressed sequence tags from barley
产权排序	2
文献子类	Article
英文摘要	大麦是一种古老的栽培作物,也是分子遗传学研究中常用的模式植物,为满足大麦基因作图、遗传多样性、种质资源鉴定和分子辅助育种等研究的需求,拟在NCBI公共数据库基础上,开发基于表达序列标签(EST)的简单序列重复(SSR)分子标记.从NCBI数据库中获得了525 781条大麦EST序列,将这些序列进行聚类和去冗余后共获得61 902个Unigene,随后通过MISA软件搜索Unigene中的SSR位点,并设计引物9 659对,最后通过电子PCR(E-PCR)和普通PCR对引物进行验证.结果显示:(1)61 902个Unigene中含有SSR位点24 648个,其中复合SSR位点5 843个,约占3.42%,单纯SSR位点23 805个,约占96.58%;(2)经E-PCR验证后发现9 659对SSR引物中有1 060对(11%)能够成功扩增出产物;(3)随机选取的11对引物经普通PCR验证发现,这些引物都能在2份野生大麦品种、2份栽培大麦品种及1份小麦、硬粒小麦、荆州黑麦和节节麦中成功扩增.本研究表明日益丰富的EST公共数据库是大麦SSR分子标记的重要来源;利用EST公共数据库、SSR搜索软件,结合E-PCR验证是开发SSR分子标记省时高效的手段.
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WOS研究方向	Agriculture (provided by Clarivate Analytics)
语种	中文
CSCD记录号	CSCD:6191068
内容类型	期刊论文
源URL	[http://210.75.237.14/handle/351003/30471]
专题	环境治理与食品安全领域_农业生物技术研究
通讯作者	龙海
作者单位	1.遵义医学院遵义 563099; 2.四川省农业科学院生物技术核技术研究所成都 610061 3.成都军区总医院成都 610083; 4.中国科学院成都生物研究所成都 610041;
推荐引用方式 GB/T 7714	陈欣,余懋群,龙海,等. 大麦EST-SSR分子标记开发及特征分析[J]. 应用与环境生物学报,2018,24(1):102-106.
APA	陈欣.,余懋群.,龙海.,邓光兵.,潘志芬.,...&张洁.(2018).大麦EST-SSR分子标记开发及特征分析.应用与环境生物学报,24(1),102-106.
MLA	陈欣,et al."大麦EST-SSR分子标记开发及特征分析".应用与环境生物学报 24.1(2018):102-106.