| 大规模基因组特征分析方法 | |
| 葛健秋; 孟金涛; 郭宁; 魏彦杰; 王丙强 | |
| 2017 | |
| 会议日期 | 2017 |
| 会议地点 | 合肥 |
| 英文摘要 | 随着测序技术的发展，基因数据正以爆发式的速度疯狂增长，海量基因组数据的组装、纠错等已成为生 物信息学的研究难题。针对基因组数据的预分析也是其中重要的一步，目前基于 k-mer 频率统计的基因组特征 分析工具大都基于单节点小内存机器而设计，在 GB 级数据处理中也都有不错的性能，但当数据规模扩展为 TB 乃至 PB 级时，性能都会急剧下降。因此设计面向 TB-PB 级基因组数据的特征分析工具，对大规模基因组 数据组装、测序数据的纠错、多序列比对等都有着十分重要的意义。本文提出了一种高可扩展的基因组特征分 析方法 ESCounter，该方法能对 TB 级基因数据进行高速分析。实验结果显示 ESCounter 在 Mira 超级计算机上 处理 2TB 人类基因组模拟数据（distinct kmer 达到 2000 亿）、程序扩展到 8192 核时仅仅花了 578 秒就完成了 整个统计工作。 |
| 语种 | 中文 |
| 内容类型 | 会议论文 |
| 源URL | [http://ir.siat.ac.cn:8080/handle/172644/12644]  |
| 专题 | 深圳先进技术研究院_数字所 |
| 作者单位 | 2017 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 葛健秋,孟金涛,郭宁,等. 大规模基因组特征分析方法[C]. 见:. 合肥. 2017. |
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