瘤胃细菌群落多样性研究中变性梯度凝胶电泳(DGGE)方法的优化

doi:10.3969/j.issn.1674-7968.2015.06.016

CORC > 中国农业科学院 > 北京畜牧兽医研究所

	瘤胃细菌群落多样性研究中变性梯度凝胶电泳(DGGE)方法的优化
	张俊; 赵圣国; 王加启; 卜登攀; 金迪; 杜洪
刊名	农业生物技术学报
	2015
卷号	23 期号:6 页码:831-840
关键词	瘤胃细菌群落变性梯度凝胶电泳(DGGE) 单链DNA(ssDNA)
ISSN号	1674-7968
DOI	10.3969/j.issn.1674-7968.2015.06.016
其他题名	Optimization of Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) Protocol in Analyzing Rumen Bacterial Community Diversity
英文摘要	为了提高瘤胃细菌多样性研究中变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)方法的准确性,本研究对DGGE的最佳变性剂梯度范围、PCR扩增程序和PCR产物处理方法进行了优化。设计DGGE变性剂浓度梯度为35%?70%、40%~60%和55%?65%,分别利用一步PCR和修补PCR(reconditioning PCR)对瘤胃细菌16S rDNA进行扩增;PCR产物分别经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(denatured polyacrylamide gel electrophoresis, d-PAGE)和绿豆核酸酶纯化;之后对DGGE凝胶图谱聚类分析,并选取部分DGGE条带割胶测序。结果表明,DGGE的变性剂浓度为40%?60%时,DGGE图谱中条带分离效果较好。修补PCR结合d-PAGE纯化在一定程度上可减少PCR产物中的单链DNA(single-stranded DNA, ssDNA)。通过聚类和条带割胶测序分析发现,不同处理方法条件下DGGE图谱条带分布不同,DGGE凝胶图谱中的单一条带并不能代表是单一菌种。本研究在用DGGE对瘤胃细菌群落多样性分析时使用40%?60%凝胶变性剂浓度,并用修补PCR结合d-PAGE纯化样品DNA可获得最佳效果。研究结果为瘤胃微生物样品DGGE分析提供了参考资料。
学科主题	生物化学 ; 微生物学
语种	中文
内容类型	期刊论文
源URL	[http://ir.nais.net.cn/handle/2HMLN22E/122085]
专题	北京畜牧兽医研究所
作者单位	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 动物营养学国家重点实验室, 北京, 100193
推荐引用方式 GB/T 7714	张俊,赵圣国,王加启,等. 瘤胃细菌群落多样性研究中变性梯度凝胶电泳(DGGE)方法的优化[J]. 农业生物技术学报,2015,23(6):831-840.
APA	张俊,赵圣国,王加启,卜登攀,金迪,&杜洪.(2015).瘤胃细菌群落多样性研究中变性梯度凝胶电泳(DGGE)方法的优化.农业生物技术学报,23(6),831-840.
MLA	张俊,et al."瘤胃细菌群落多样性研究中变性梯度凝胶电泳(DGGE)方法的优化".农业生物技术学报 23.6(2015):831-840.