大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析

	大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析
	张乐 1; 金龙国 1; 罗玲 1; 王跃平 1; 董志敏 1; 孙守红 2; 邱丽娟 1
刊名	作物学报
	2011
卷号	37 期号:6 页码:965-974
关键词	大豆基因组转录组密码子
ISSN号	0496-3490
其他题名	Analysis of Nuclear Gene Codon Bias on Soybean Genome and Transcriptome
英文摘要	研究大豆核基因密码子的使用模式，探讨影响其密码子组成和编码特点的因素，为运用基因工程技术提高改良大豆提供理论依据。以大豆基因组的46 430个高置信编码基因和2 071条大豆全长转录本序列为数据来源，应用CodonW软件对大豆全基因组密码子组成、同义密码子使用频率和全长转录组编码区密码子使用各项参数的计算和统计分析发现，基因的表达水平与编码区G+C和GC3s含量均呈极显著正相关，且G+C和GC3s含量越高的基因密码子使用偏好性越高，并确定了UCC和GCC为大豆最优密码子。编码区长度分组分析表明，密码子使用偏好性随编码区长度的增加而降低，编码区较长的基因则趋向于随机使用密码子，且在转录组数据范围内，编码区长度介于400～600 bp的基因表达水平最高。大豆叶片和种子中特异表达基因的密码子使用偏好性和基因表达水平较为接近，但种子特异表达基因的G+C和GC3s含量均显著高于叶片特异表达基因，而其芳香族氨基酸含量则极显著低于叶片特异表达基因。
学科主题	农作物
语种	中文
内容类型	期刊论文
源URL	[http://ir.nais.net.cn/handle/2HMLN22E/127164]
专题	作物科学研究所_分子生物学系
作者单位	1.中国农业科学院作物科学研究所, 国家农作物基因资源与遗传改良重大科学工程/农业部作物种质资源利用重点开放实验室, 北京, 100081; 2.中国科学院遗传与发育研究所, 北京, 100101
推荐引用方式 GB/T 7714	张乐,金龙国,罗玲,等. 大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析[J]. 作物学报,2011,37(6):965-974.
APA	张乐.,金龙国.,罗玲.,王跃平.,董志敏.,...&邱丽娟.(2011).大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析.作物学报,37(6),965-974.
MLA	张乐,et al."大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析".作物学报 37.6(2011):965-974.